除草剂生产厂家与完全测序的草基因组的比较表明在转录组的良好覆盖和正确表示

除草剂生产厂家与完全测序的草基因组的比较表明在转录组的良好覆盖和正确表示

发布日期:2018-09-04 浏览次数:509文章来源:http://www.zgfclagroup.com作者:福川生物

背景(#br)agrestal杂草中的除草剂生产厂家的抗性是一个威胁粮食安全的全球性问题。中和除草剂或补偿其作用的机制赋予的非靶位点抗性(NTSR)被认为是最具农艺学毒性的抗性类型。与靶位点抗性相反,NTSR机制还远未完全阐明。作为除草剂胁迫的杂草响应的一部分,NTSR被认为主要由基因调控驱动。我们的目的是建立一个转录组资源,允许研究NTSR在主要杂草(禾本科)中的转录组基础,几乎没有基因组或转录组学数据。(#br)结果(#br)RNA- Seq从一个F2群体中的植物进行,所述F2群体对抑制乙酰乳酸合酶的除草剂敏感或表达NTSR。在施用除草剂之前的七个时间点范围内对克隆的植物进行取样。超过159M高质量读数的组装产生了包含65,558个潜在活性重叠群(N50 = 1240个核苷酸)的转录组学资源,预测编码32,138个具有74%GO注释的肽,其中2017年被分配到可能参与NTSR的蛋白质家族中。

除草剂生产厂家与完全测序的草基因组的比较表明在转录组的良好覆盖和正确表示。抗性和敏感植物共有的除草剂转录组学反应的部分与乙酰乳酸合酶抑制的预期效果一致,与公布的拟南芥数据观察到惊人的相似性。具有植物首先受到敏感植物的除草剂作用的影响,但最终克服了它。对抗性和敏感植物之间的转录组除草剂响应的差异的分析不允许鉴定直接解释NTSR的过程。初步鉴定了所研究的F2群体中与NTSR相关的五个重叠群。他们被预测编码三种细胞色素,一种过氧化物酶和一种抗病蛋白。(#br)结论(#br)我们的数据证实基因调控是除草剂反应和NTSR的根源。 ALOMYbase被证明是支持NTSR转录组学研究的相关资源,并且构成了未来研究的有价值工具。

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